Yakın Doğu Üniversitesi Veteriner Fakültesi bünyesinde 2011-2012 Eğitim-Öğretim Yılında ders verme etkinliğine başlayan Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalından Fakültemizde görevlendirilen Prof. Dr. K. Serdar DİKER (Anabilim Dalı Başkanı), Prof. Dr. Müjgan İZGÜR, Prof. Dr. Hakan YARDIMCI, Prof. Dr. Ömer Memduh ESENDAL (Yakın Doğu Üniversitesi Veteriner Fakültesi Kurucu Dekanı), Prof. Dr. Mehmet AKAN, Doç. Dr. Barış SAREYYÜPOĞLU ve Araştırma Görevlisi kadrosunun katkıları ile kurulmuştur. Anabilim Dalının ders verme etkinliği 2013-2014 ve 2014-2015 Eğitim-Öğretim Yıllarında Uludağ Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalından Fakültemizde görevlendirilen Prof. Dr. Cengiz ÇETİN, Prof.Dr. Mihriban ÜLGEN, Prof. Dr. Ayşin ŞEN, Doç.Dr. Esra BÜYÜKCANGAZ ve Doç.Dr. Serpil KAHYA DEMİRBİLEK tarafından devam ettirilmiştir. 2015-2016 Eğitim-Öğretim Yılı Güz Yarıyılında ise Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalından görevlendirilen Prof. Dr. Kadir Semih GÜMÜŞSOY ders verme etkinliğini sürdürmüştür. Şu an Prof.Dr. Ömer Memduh ESENDAL, Yrd.Doç.Dr. Hüban GÖÇMEN, Doktora Öğrencileri Halit ŞÜKÜR ve Hazel TAMAKAN tarafından ders verme etkinliği sürdürülmektedir.

Mikrobiyoloji Anabilim Dalında hayvanların infeksiyöz hastalıklarında etiyoloji, epidemiyoloji, patogenez, semptomatoloji, etkenlerin antibiyotik dirençlilikleri, sağaltım, koruma ve kontrol önlemleri konularında eğitim verilmektedir.

Mikrobiyoloji Anabilim Dalında Mikrobiyoloji I, Mikrobiyoloji II, Epidemiyoloji, İmmunoloji, Kanatlı Hayvan Hastalıkları ve Mikoloji başlıklı lisans dersleri ve Sağlık Bilimleri Enstitüsüne bağlı olarak Temel Mikrobiyoloji, Veteriner Mikrobiyoloji I ve II, Veteriner İmmunoloji, Veteriner Epidemiyoloji, Immunoprofilaksi, Kanatlı Hayvan Hastalıkları, Mikoloji ve Moleküler Mikrobiyoloji başlıklı doktora dersleri teorik ve uygulamalı olarak Türkçe ve İngilizce verilmektedir.